MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis IU824 complete genome

Total Repeats: 22964

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020511	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328176
2	NC_020511	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	471328176
3	NC_020511	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328176
4	NC_020511	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
5	NC_020511	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
6	NC_020511	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	471328176
7	NC_020511	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328176
8	NC_020511	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
9	NC_020511	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328176
10	NC_020511	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
11	NC_020511	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	471328176
12	NC_020511	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	471328176
13	NC_020511	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	471328176
14	NC_020511	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328176
15	NC_020511	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328176
16	NC_020511	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
17	NC_020511	TC	3	6	825	830	0 %	50 %	0 %	50 %	471328176
18	NC_020511	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328176
19	NC_020511	AG	3	6	847	852	50 %	0 %	50 %	0 %	471328176
20	NC_020511	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
21	NC_020511	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
22	NC_020511	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
23	NC_020511	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328176
24	NC_020511	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	471328176
25	NC_020511	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328176
26	NC_020511	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328176
27	NC_020511	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
28	NC_020511	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
29	NC_020511	GAAGGA	2	12	1360	1371	50 %	0 %	50 %	0 %	471328176
30	NC_020511	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
31	NC_020511	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	471328176
32	NC_020511	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328176
33	NC_020511	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328176
34	NC_020511	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
35	NC_020511	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
36	NC_020511	A	6	6	1803	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020511	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020511	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020511	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_020511	T	7	7	1847	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020511	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020511	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020511	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328177
44	NC_020511	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328177
45	NC_020511	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328177
46	NC_020511	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328177
47	NC_020511	T	6	6	1984	1989	0 %	100 %	0 %	0 %	471328177
48	NC_020511	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328177
49	NC_020511	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328177
50	NC_020511	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328177
51	NC_020511	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328177
52	NC_020511	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	471328177
53	NC_020511	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328177
54	NC_020511	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020511	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020511	T	7	7	2261	2267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020511	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020511	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020511	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
60	NC_020511	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328178
61	NC_020511	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328178
62	NC_020511	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	471328178
63	NC_020511	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	471328178
64	NC_020511	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328178
65	NC_020511	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
66	NC_020511	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
67	NC_020511	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328178
68	NC_020511	AG	3	6	2753	2758	50 %	0 %	50 %	0 %	471328179
69	NC_020511	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328179
70	NC_020511	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	471328179
71	NC_020511	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
72	NC_020511	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328179
73	NC_020511	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328179
74	NC_020511	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
75	NC_020511	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328179
76	NC_020511	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
77	NC_020511	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328179
78	NC_020511	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
79	NC_020511	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328179
80	NC_020511	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328179
81	NC_020511	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	471328179
82	NC_020511	T	6	6	3428	3433	0 %	100 %	0 %	0 %	471328179
83	NC_020511	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
84	NC_020511	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328179
85	NC_020511	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328179
86	NC_020511	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	471328179
87	NC_020511	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
88	NC_020511	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
89	NC_020511	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
90	NC_020511	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328179
91	NC_020511	TGTGA	2	10	3881	3890	20 %	40 %	40 %	0 %	471328179
92	NC_020511	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	471328179
93	NC_020511	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
94	NC_020511	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
95	NC_020511	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328179
96	NC_020511	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
97	NC_020511	TTGAA	2	10	4237	4246	40 %	40 %	20 %	0 %	471328180
98	NC_020511	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328180
99	NC_020511	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
100	NC_020511	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	471328180
101	NC_020511	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
102	NC_020511	GAGAA	2	10	4531	4540	60 %	0 %	40 %	0 %	471328180
103	NC_020511	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
104	NC_020511	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	471328180
105	NC_020511	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
106	NC_020511	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328180
107	NC_020511	A	7	7	4928	4934	100 %	0 %	0 %	0 %	471328180
108	NC_020511	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
109	NC_020511	GAAAA	2	10	4968	4977	80 %	0 %	20 %	0 %	471328180
110	NC_020511	A	7	7	4974	4980	100 %	0 %	0 %	0 %	471328180
111	NC_020511	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
112	NC_020511	AT	3	6	5114	5119	50 %	50 %	0 %	0 %	471328180
113	NC_020511	TTACA	2	10	5123	5132	40 %	40 %	0 %	20 %	471328180
114	NC_020511	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
115	NC_020511	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328180
116	NC_020511	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328180
117	NC_020511	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
118	NC_020511	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
119	NC_020511	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	471328180
120	NC_020511	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328180
121	NC_020511	AAAGCT	2	12	5541	5552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	471328180
122	NC_020511	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	471328180
123	NC_020511	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328180
124	NC_020511	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328180
125	NC_020511	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020511	A	6	6	5666	5671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020511	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020511	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328181
129	NC_020511	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328181
130	NC_020511	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
131	NC_020511	GTCTT	2	10	5817	5826	0 %	60 %	20 %	20 %	471328181
132	NC_020511	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328181
133	NC_020511	TC	3	6	5862	5867	0 %	50 %	0 %	50 %	471328181
134	NC_020511	GA	3	6	5873	5878	50 %	0 %	50 %	0 %	471328181
135	NC_020511	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
136	NC_020511	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
137	NC_020511	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	471328181
138	NC_020511	AT	3	6	5977	5982	50 %	50 %	0 %	0 %	471328181
139	NC_020511	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
140	NC_020511	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
141	NC_020511	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
142	NC_020511	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328181
143	NC_020511	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
144	NC_020511	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328181
145	NC_020511	TG	3	6	6130	6135	0 %	50 %	50 %	0 %	471328181
146	NC_020511	T	6	6	6208	6213	0 %	100 %	0 %	0 %	471328181
147	NC_020511	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328181
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150	NC_020511	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328181
151	NC_020511	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
152	NC_020511	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
153	NC_020511	AG	3	6	6538	6543	50 %	0 %	50 %	0 %	471328181
154	NC_020511	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
155	NC_020511	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	471328181
156	NC_020511	CAAAAA	2	12	6850	6861	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_020511	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020511	CTT	2	6	6960	6965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_020511	AG	3	6	7012	7017	50 %	0 %	50 %	0 %	471328182
160	NC_020511	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328182
161	NC_020511	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328182
162	NC_020511	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	471328182
163	NC_020511	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	471328182
164	NC_020511	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328182
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167	NC_020511	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
168	NC_020511	GA	3	6	7596	7601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
169	NC_020511	A	6	6	7611	7616	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_020511	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020511	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020511	TTA	2	6	7752	7757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020511	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020511	GAA	2	6	7801	7806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020511	ATG	2	6	7837	7842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020511	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328183
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178	NC_020511	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328183
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181	NC_020511	TGGTA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	471328183
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184	NC_020511	A	6	6	8567	8572	100 %	0 %	0 %	0 %	471328183
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189	NC_020511	AG	3	6	8990	8995	50 %	0 %	50 %	0 %	471328184
190	NC_020511	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	471328184
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193	NC_020511	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328184
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212	NC_020511	TTC	3	9	9775	9783	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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215	NC_020511	GAA	2	6	9829	9834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
216	NC_020511	A	6	6	9885	9890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
217	NC_020511	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
218	NC_020511	CCT	2	6	9930	9935	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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220	NC_020511	TTA	2	6	9998	10003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328185
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251	NC_020511	AAAGG	2	10	11285	11294	60 %	0 %	40 %	0 %	471328186
252	NC_020511	CTT	2	6	11336	11341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328186
253	NC_020511	TTG	2	6	11376	11381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328186
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255	NC_020511	GAAA	2	8	11399	11406	75 %	0 %	25 %	0 %	471328186
256	NC_020511	TAGCAA	2	12	11429	11440	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	471328186
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259	NC_020511	T	6	6	11549	11554	0 %	100 %	0 %	0 %	471328186
260	NC_020511	AAAGCT	2	12	11560	11571	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	471328186
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266	NC_020511	TAG	2	6	11793	11798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
267	NC_020511	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
268	NC_020511	CTT	2	6	11843	11848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_020511	TA	3	6	11849	11854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_020511	TCA	2	6	11880	11885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_020511	T	6	6	11900	11905	0 %	100 %	0 %	0 %	471328187
272	NC_020511	AG	3	6	11910	11915	50 %	0 %	50 %	0 %	471328187
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400	NC_020511	GA	3	6	18129	18134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
401	NC_020511	GTT	2	6	18231	18236	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
402	NC_020511	GA	3	6	18373	18378	50 %	0 %	50 %	0 %	471328192
403	NC_020511	TTG	2	6	18409	18414	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328192
404	NC_020511	CTC	2	6	18457	18462	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328192
405	NC_020511	A	6	6	18481	18486	100 %	0 %	0 %	0 %	471328192
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449	NC_020511	AAG	2	6	20439	20444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328193
450	NC_020511	CTT	3	9	20493	20501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
451	NC_020511	T	6	6	20500	20505	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_020511	T	6	6	20507	20512	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
453	NC_020511	TAA	2	6	20535	20540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328194
454	NC_020511	GAG	2	6	20564	20569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328194
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464	NC_020511	A	6	6	21005	21010	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_020511	GA	3	6	21275	21280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
472	NC_020511	TGG	2	6	21471	21476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
473	NC_020511	AAC	2	6	21510	21515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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476	NC_020511	TGA	2	6	21728	21733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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481	NC_020511	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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